De Federatie Groene Heuvelrug heeft werkgroepen die initiatieven nemen binnen de verschillende aandachtsgebieden:
De werkgroep bebouwd gebied gaat over alles binnen de rode contouren
De werkgroep buitengebied verzorgt projecten binnen de groene contouren
De werkgroep erfgoed houdt zich bezig met alle aspecten die het karakter van de Utrechtse Heuvelrug bepalen.